Анализ правовой ситуации при выполнении госконтракта на ремонт здания - нарушения и возможные последствия

Помогите, пожалуйста, разобраться в вопросе. Заранее извиняюсь за некоторый сумбур. Бюждетное учреждение заключило госконтракт на ремонт здания (один из этапов). Цена, условно, 10 млн. В процессе производства работ технадзором были повторно осуществлены замеры и установлено, что фактически подлежит выполнить меньший объём работ, чем предусмотрено проектом и контрактом. Кроме того, часть работ выполнять в рамках этого этапа вообще нецелесообразно, поскольку при производстве следующего этапа результат необходимо будет частично демонтировать. Суммарная стоимость этих работ ок. 1,5 млн. По обоюдному согласию сторон объём работ был уменьшен, при этом дополнительное соглашение отсутствует и не известно было ли оно вообще. Кроме того, в процессе выполнения оставшихся работ потребовалась установка дополнительного оборудования, что и было сделано, стоимость работ несущественно возросла, при этом документы также отсутствуют. Учреждение приняло и оплатило только фактически выполненные работы, на часть работ, которые с учётом всех договорённостей должны были быть исполнены, но исполнены с просрочкой, начислены пени (без штрафа, поскольку учреждение не имело претензий по качеству). Есть ли признаки правонарушения/преступления? Что грозит и что делать? Спасибо заранее.