Как выгоднее с точки зрения уплаты налогов оформлять сделку между братом и сестрой, через продажу или дарение квартиры.

Это два разных договора - один возмездный, а другой безвозмездный. При дарении квартиры между полнородными и неполнородными (имеющими общих отца или мать) братом и сестрой налог на дарение согласно п.18.1 ст.217 НК РФ оплате не подлежит. При купле-продаже родство значения не имеет, а имеет значение статус резидента РФ по уплате налогов у продавца (ст.207 НК РФ) и при его наличии имеет значение срок владения квартирой как собственной до продажи (1) менее 3-х лет или 2) 3 года и более). В первом случае имущественный налоговый вычет при продаже составит по пп.1 п.1 ст.220 НК РФ 1000000 рублей, а НДФЛ с превышения 13%, а во втором случае вычет составит всю полученную от продажи сумму (независимо от её размера) и НДФЛ продавцу платить не придётся. При отсутствии у продавца статуса резидента прав на вычет нет и НДФЛ по ст.224 НК РФ составит 30% от полученной от продажи суммы. Если покупатель состоит в зарегистрированном браке, то потребуется нотариально удостоверенное согласие супруга(супруги) на покупку и при отсутствии брачного контракта, предусматривающего иное, квартира станет нажитым в браке имуществом, подлежащим разделу между супругами(ст. ст.34, 38, 39 СК РФ). При дарении квартира будет единоличной собственностью одаряемой(одаряемого)-ст.36 СК РФ даже если она(он) состоит при этом в браке. В зависимости от указанных обстоятельств принимается решение о способе отчуждения сторонами договора.