Повлияет ли на ход дела тот факт, что арендуемое помещение не сдано в эксплуатацию.

В данной ситуации правоотношения регулируются не ЖК РФ, а ГК РФ, так как связаны с арендой нежилого помещения. Арендодатель вправе один раз в год, если иные сроки не установлены договором аренды увеличить размер арендной платы (ст. 614 ГК РФ), при этом целесообразно в договоре аренды предусмотреть размер возможного увеличения арендных платежей. Если размер увеличения арендных платежей вами в договоре не предусмотрен, то решение администрации - правомерно, однако возможно стоит вам ознакомиться с правилами аренды муниципальных нежилых помещений которые возможно утверждены вашей администрацией. Обычно в таких правилах указывается порядок и условия сдачи имущества в аренду, в том числе и по оплате аренды.

Что касается сумм, предъявляемых к взысканию, то здесь необходимо исходить из тех конкретных обстоятельств в которых оказалась ваша организация. Проанализируйте расчет администрации, так как арендная плата взыскивается за имущество готовое к использованию по назначению. Если нежилое помещение не введено в эксплуатацию , то размер платы за пользование таким имуществом может быть уменьшен на размер убытков понесших вашей организацией. В этих целях вам необходимо подготовить свой расчет арендных платежей, который представить суду.