Истец требует взыскать задолженность по дистрибьюторскому вознаграждению, но Ответчик предлагает зачет - как поступить в данной ситуации?

Как поступить в следующей ситуации: Истцом был предъявлен иск к Ответчику о взыскании задолженности по выплате дистрибьюторского вознаграждения в размере 342 923,22 руб. 22 коп.; судебных расходов по оплате государственной пошлины в размере 8 358,46 руб. 46 коп. До подачи искового требования задолженность Ответчика по выплате дистрибьюторского вознаграждения составляла 453 359,12 руб. 12 коп., что подтверждается Актом сверки взаимных расчетов по состоянию на 17.06.2009 г. Последний срок исполнения Ответчиком денежного обязательства перед Истцом согласно п. 4.6 Договора о дистрибьюторском вознаграждении № от г. наступил 10.07.2009 г. После принятия к производству искового заявления Арбитражным судом г.Москвы Ответчик погашает свою задолженность по выплате дистрибьюторского вознаграждения в размере 235 876.24 руб. частями перечисляя на расчетный счет Истца следующие суммы: - 100 000,00 руб. – платежное поручение № от г. . - 135 876,98 руб, 98 коп. – платежное поручение № от г. Также Ответчик осуществил поставку материалов на 107 046,24 руб., 24 коп. - накладная №522 от 11.12.2009 г. .и накладная №416 от 12.10.2009 г. на 110435,9 руб, но Оплату Истец за товар поставленный по этим накладным не производил. Имеются письма в которых Истец просит Ответчика отгрузить ему товар в счет имеющегося долга. Однако зачет не был произведен. По факту Ответчик остается должен Истцу 107 046,98 руб. Просрочка по исполнению обязательств по выплате дистрибьюторского вознаграждения составила 373 дня. Однако в первоначальном иске Истец не указывает на взыскание неустойки. Вопросы: 1. Может ли Ответчик самостоятельно произвести зачет ст.410 ГКРФ 2. Может ли суд признать долг за Ответчиком так как нет доказательства оплаты всей суммы и по каким основаниям 3. Есть ли смысл подавать отдельный иск на взыскание неустойки с Ответчика за просрочку исполнения обязательств.