Работаю в хозрасчетном отделении ГМУ на полставки, хотя обещали процент от выручки - как защитить себя и вернуть деньги?

Обращайтесь в прокуратуру.Инструкция о порядке рассмотрения обращений и приема граждан в системе прокуратуры РоссийскойФедерации (в ред. приказов Генерального прокурора РФ № 178 от 05.09.2008, № 113 от 17.03.2010). Инструкция устанавливает единый порядок рассмотрения и разрешения в системе прокуратуры РФ обращений граждан РФ, иностранных граждан, лиц без гражданства, обращений и запросов должностных и иных лиц о нарушениях их прав и свобод, прав и свобод других лиц, о нарушениях законов на территории РФ, а также порядок приема граждан, должностных и иных лиц в органах и учреждениях прокуратуры РФ (жалоба в прокуратуру).

Никак Вы тут ничего не докажете, пока не изменен трудовой договор (ст. 72 ТК РФ).

Полтора года я оформлена у них по трудовому договору на пол ставки,

---как вы оформлены. так и получаете. что сказано на словах. так на словах и осталось. см.

Трудовой кодекс ( ТК РФ ), N 197-ФЗ от 30.12.2001

Если условия трудового договора соблюдаются, то нарушений нет и оспаривать особо нечего в силу соответствия условий трудового договора принятой в организации системе оплаты труда (ст. 8, 56, 57, 135 ТК РФ)

Вам наобещали золотые горы просто, обратитесь к работодателю с просьбой пересмотреть условия Вашего трудового договора, Эти деньги сейчас Вы никак не взыщете, потому что официально что положено- то и получаете. Не отчаивайтесь.

"Трудовой кодекс Российской Федерации" от 30.12.2001 N 197-ФЗ (ред. от 30.12.2015)

ТК РФ, Статья 72. Изменение определенных сторонами условий трудового договора

Изменение определенных сторонами условий трудового договора, в том числе перевод на другую работу, допускается только по соглашению сторон трудового договора, за исключением случаев, предусмотренных настоящим Кодексом. Соглашение об изменении определенных сторонами условий трудового договора заключается в письменной форме.