Как оформить изменение срока в трудовом договоре при уже внесенных изменениях к нему

Полагаю, что в данном случае можно оформить дополнительное соглашение, в котором предусмотреть условия - изменения основного договора.

ТК РФ Статья 72. Изменение определенных сторонами условий трудового договора

Изменение определенных сторонами условий трудового договора, в том числе перевод на другую работу, допускается только по соглашению сторон трудового договора, за исключением случаев, предусмотренных настоящим Кодексом. Соглашение об изменении определенных сторонами условий трудового договора заключается в письменной форме.

"Изменения к изменениям" не оформляются - всегда только изменения к договору.

Доброго дня!

ТК РФ Статья 57. Содержание трудового договора

Если при заключении трудового договора в него не были включены какие-либо сведения и (или) условия из числа предусмотренных частями первой и второй настоящей статьи, то это не является основанием для признания трудового договора незаключенным или его расторжения. Трудовой договор должен быть дополнен недостающими сведениями и (или) условиями. При этом недостающие сведения вносятся непосредственно в текст трудового договора, а недостающие условия определяются приложением к трудовому договору либо отдельным соглашением сторон, заключаемым в письменной форме, которые являются неотъемлемой частью трудового договора.