Как изменить название организации в завершающей стадии реорганизации в фонд?

Можно. В ИФНС нужно представить документы: заявление по форме № 13001, нотариально заверенное.

Федеральный закон "О некоммерческих организациях" от 12.01.1996 N 7-ФЗ,статья 4

Вам потребуется внести изменения в Устав организации, зарегистрировать эти изменения в Минюсте.

Согласно ст. 57 ГК РФ государственная регистрация юридического лица, создаваемого в результате реорганизации (в случае регистрации нескольких юридических лиц - первого по времени государственной регистрации), допускается не ранее истечения соответствующего срока для обжалования решения о реорганизации (пункт 1 статьи 60.1).

Можете сменить название организации путем внесения изменений в устав

ст.16 Федерального закона от 12.01.1996 N 7-ФЗ (ред. от 29.07.2018) "О некоммерческих организациях" (с изм. и доп., вступ. В силу с 01.01.2019) предусмотрено реорганизация организаций. Для смены названия организации нужно внести изменения в устав. Поэтому если вы еще не сдали документы в минюст, то еще не поздно.

Добрый день! Порядок проведения реорганизации некоммерческих организаций определяется Гражданским Кодексом Российской Федерации (далее – ГК РФ), Федеральным законом «О некоммерческих организациях», другими федеральными законами (об отдельных некоммерческих организациях). Смена названия при реорганизации общуственной организации в НКО возможна только путем внесения изменений в учредительные документы. Изменения, вносимые в учредительные документы, вносятся и в ЕГРЮЛ. Некоммерческие организации регистрируют изменения, связанные со сменой названия в Министерстве юстиции, а внесение изменений в ЕГРЮЛ на основании принятого решения Минюстом регистрируется Федеральной налоговой службой. В связи с этим для регистрации смены наименования НКО следует обращаться в территориальный орган Минюста, в который предоставляется следующий пакет документов: устав НКО, в котором указано новое наименование; заявление на регистрацию вносимых изменений; решение о смене наименования НКО; оригинал прежнего устава. Процедура регистрации изменений наименования до момента получения копии устава, в котором будет указано новое наименование, а также свидетельство об внесенных изменениях в Устав и получением выписки ЕГРЮЛ может занимать до 3 месяцев. Кроме этого, после того, как будут получены документы с новым наименованием НКО, необходимо уведомить об этом территориальный налоговый орган, Росстат, банковское учреждение, внебюджетные фонды. Также следует сдать старую и изготовить новую печать.

Уточню, что процесс реогранизации НКО не окончен, и заявление я должна подать в форме №12001. В этом заявлении можно ли указать отличное от первоначально указанного названия в заявлении о начале реоганизации НКО! и в публикациях в налоговом вестнике?

А какой смысл сначала вносить изменения в устав и только затем завершать реоганизацию? Нельзя разве в завершающем заявлении по форме №12001 указать новое название организации?