Почему мне пришло предписание о задолженности, если я уже оплатила налоги - что делать в данной ситуации?

Потому что вынесен судебный приказ, в суд не вызывают. В налоговой правая рука не знает, что делает левая.

Отменяйте судебный приказ.

Здравствуйте. С большой долей вероятности был вынесен судебный приказ по заявлению взыскателя (ФНС), а таковой выносится без вызова сторон и без проведения судебного разбирательства (ст. 123.5 КАС РФ), поэтому Вас и не обязаны были вызывать в суд. В данной ситуации, Вам необходимо отменять этот судебный приказ, для этого, необходимо направить в суд, вынесший приказ, возражения относительно его исполнения в порядке ст. 123.7 КАС РФ, причем в Вашем случае, обязательно с ходатайством о восстановлении процессуального срока на подачу возражений, необходимо обосновать невозможность представления возражений в установленный срок по не зависящим от Вас причинам (суд обязан был направить Вам копию судебного приказа, но Вы его не получили по той или иной причине). После отмены приказа, копию определения суда необходимо будет направить в ФССП с заявлением о прекращении ИП (ст. 43 Федерального закона от 02.10.2007 N 229-ФЗ (ред. от 25.12.2023) "Об исполнительном производстве").

Скорее всего был судебный приказ. Узнайте в мировом суде, его надо срочно отменить.