Можно ли вернуть телефон, если он признан орудием преступления с координатами?

Вернуть телефон вряд ли получится в этом случае

Апелляция можете подать если есть решение суда

Апелляцию подавайте в таком случае.

Согласно п.1 ч.3 ст. 81 УПК РФ, орудия, оборудование или иные средства совершения преступления, принадлежащие обвиняемому, подлежат конфискации, или передаются в соответствующие учреждения, или уничтожаются. Но в любом случае, право на обжалование решения суда у вас остаётся.