Если я буду обращаться в отдел кадров по этому поводу, не смогут ли они прикрыть ее, и переделать приказы, до проверки?

Ваша коллега и начальник действуют с явным нарушением трудового законодательства. Если она не появляется на работе без уважительной причины и не предупреждает об этом, это прогул, основание для увольнения .

Начальник, зная о невыходах сотрудницы, продолжает начислять ей зарплату за фактически неотработанные часы. Главная проблема в том, что незаконная выплата денег не может быть просто скрыта: с начисленной зарплаты идут обязательные страховые взносы и НДФЛ. Эти отчисления невозможно подделать задним числом.

Для работодателя это риск финансовой проверки (трудовая инспекция, прокуратура, налоговая). Вернуть выплаченные ей деньги можно только через суд в случае установления недобросовестности сотрудницы, но это сложно. Вам как заявителю безопаснее обратиться на горячую линию Роструда анонимно, чтобы инициировать проверку. Если опасаетесь огласки, учтите, что отдел кадров может попытаться сфабриковать приказы о прогулах, но закон требует соблюдения процедуры (получение объяснений, акты). Если появится угроза увольнения вас, можно будет оспорить это как дискриминацию.

Всё зависит от ваших целей. Ваш вопрос звучит примерно как "если я пойду пешком, то дойду ли я куда-нибудь?". Чтоб ответить, надо хотя бы ваше направление знать, а из описанного непонятно.

Из описанного вами усматриваются нарушения, причём достаточно серьёзные, тут вплоть до уголовки. Вариантов развития событий может быть несколько, вам бы лучше на личную консультацию обратиться что результат был и лишнего ничего не натворить

обращаться в отдел кадров по этому поводу и все