Как возможно уволиться по собственному желанию, если руководитель находится в отпуске?

Факт нахождения руководителя (тем более, не руководителя организации, а менеджера магазина) в отпуске не лишает Вас права подать заявление на увольнение по собственному желанию, т.к. Вашим работодателем является не руководитель, а сама организация, как юридическое лицо. Вы вправе подать заявление на увольнение в главный офис, по месту нахождения работодателя, только обязательно зарегистрируйте это заявление (должен быть входящий штамп с датой).