Как подсчитать переработку и компенсировать ее при работе по графику сутки/трое?

Трудовой кодекс РФ.

Статья 152. Оплата сверхурочной работы

Сверхурочная работа оплачивается за первые два часа работы не менее чем в полуторном размере, за последующие часы - не менее чем в двойном размере. Конкретные размеры оплаты за сверхурочную работу могут определяться коллективным договором, локальным нормативным актом или трудовым договором. По желанию работника сверхурочная работа вместо повышенной оплаты может компенсироваться предоставлением дополнительного времени отдыха, но не менее времени, отработанного сверхурочно.

Письмо Минздравсоцразвития РФ от 31.08.2009 N 22-2-3363

Согласно части первой статьи 99 ТК РФ сверхурочной работой при суммированном учете рабочего времени является работа, выполняемая работником по инициативе работодателя сверх нормального числа рабочих часов за учетный период.

Статья 152 ТК РФ устанавливает единый порядок оплаты часов сверхурочной работы. Сверхурочная работа оплачивается за первые два часа работы не менее чем в полуторном размере, за последующие часы - не менее чем в двойном размере.

Таким образом, при суммированном учете рабочего времени, исходя из определения сверхурочной работы, подсчет часов переработки ведется после окончания учетного периода. В этом случае работа сверх нормального числа рабочих часов за учетный период оплачивается за первые два часа работы не менее чем в полуторном размере, а за все остальные часы - не менее чем в двойном размере.

При этом отпуск - сам по себе, этот период в указанном подсчёте не учитывается.