При увольнении как должен вестись расчет, если не отработан срок указанный в договоре?

Конечно может.

Статья 198. Ученический договор

[Трудовой кодекс РФ] [Глава 32] [Статья 198]

Работодатель - юридическое лицо (организация) имеет право заключать с лицом, ищущим работу, или с работником данной организации ученический договор на получение образования без отрыва или с отрывом от работы.

Ученический договор с работником данной организации является дополнительным к трудовому договору.

Здравствуйте, Елена Леонидовна!

Не понятно о чем договор, но все можно включить согласно ст.421 ГК РФ

На счет командировочных - погорячились (я так понимаю, что Вы никуда не ездили), а стипендию взыскать могут

ТК РФ

Статья 207. Права и обязанности учеников по окончании ученичества

Лицам, успешно завершившим ученичество, при заключении трудового договора с работодателем, по договору с которым они проходили обучение, испытательный срок не устанавливается.

В случае, если ученик по окончании ученичества без уважительных причин не выполняет свои обязательства по договору, в том числе не приступает к работе, он по требованию работодателя возвращает ему полученную за время ученичества стипендию, а также возмещает другие понесенные работодателем расходы в связи с ученичеством.

Расчет будет вестись пропорционально времени договора и отработанному времени. То есть если вы заключили договор на 5 лет, а отработали 2 то затраты делятся на 5 и умножаются на 2