Администрация успешно обжаловала отказ в перепланировке нежилого помещения, но её решение оспаривают из-за нарушения подсудности

Вам тогда нужно было указать с какими требованиями Вы вышли в суд. Из Вашего основного вопроса и дополнительного этого не видно. Из основного вопроса я поняла, что Вы обжаловали отказ Администрации

Cошлитесь на п.37 Пленума Верховного суда РФ № 13 от 19.06.2012г

37. Нарушение судом первой инстанции норм процессуального права, устанавливающих правила подсудности, не является основанием для применения судом апелляционной инстанции пункта 1 части 4 статьи 330 ГПК РФ.

При наличии указанных нарушений суд апелляционной инстанции в соответствии со статьей 47 Конституции Российской Федерации и частью 2 статьи 33 ГПК РФ отменяет постановление суда первой инстанции по основаниям части 3 статьи 330 ГПК РФ и передает дело в суд первой инстанции, к подсудности которого законом отнесено его рассмотрение.

Так, дело может быть передано на рассмотрение по подсудности в суд первой инстанции, если на нарушение правил подсудности указано в апелляционных жалобе, представлении и суд апелляционной инстанции установит, что лицо, подавшее жалобу, или прокурор, принесший представление, заявляли в суде первой инстанции ходатайство о неподсудности дела этому суду либо что у них отсутствовала возможность заявить в суде первой инстанции такое ходатайство по причине их неизвещения о времени и месте судебного заседания или непривлечения к участию в деле; если вследствие нарушения правил родовой подсудности при рассмотрении дел, связанных с государственной тайной, или правил исключительной подсудности по искам о правах на недвижимое имущество отсутствовала возможность собрать, исследовать и оценить в качестве относимых и допустимых доказательств сведения, соответственно составляющие государственную тайну или находящиеся по месту расположения недвижимого имущества, что могло привести к вынесению неправильного по существу решения суда.

Но ведь Администрация самостоятельных требований не заявляла, какие основания для применения этой статьи?