Как прописать дочь, если отец не проживает с нами и отсутствует возможность его присутствия в паспортном столе?

Изучив подробнее законодательсво могу вам сказать, что данная справка не является документом, который необходим для регистрации ребенка, список документов конечен и закреплен законодательством, могут затребовать согласие на прописку ребенка второго родителя при наличии постоянной регистрации в разных местах согласно статье 65 СК РФ и не более. Соответственно, запрос данной справки не правомерен. Пишите заявление на имя начальника паспортного стола или требуйте мотивированный письменный отказ и с ним - в суд. Если работникам УФМС нужна данная справка пусть сами делают запрос и укаладываются в трёх дневный срок отведенный законодательством на регистрационные действия. "Гонять" людей права они не имеют!

Согласно ст.28 Правил регистрации и снятия граждан РФ с регистрационного учета по месту пребывания и по месту жительства в пределах РФ, утвержденных Постановлением РФ от 17 июля 1995 г. № 713, регистрация по месту жительства несовершеннолетних граждан, не достигших 14-летнего возраста, осуществляется на основании документов, удостоверяющих личность родителей, и свидетельства о рождении несовершеннолетнего, путем внесения сведений в домовые книги или алфавитные карточки.

Место жительства детей при раздельном проживании родителей устанавливается соглашением родителей на основании статьи 65 СК РФ, поэтому, если ребенок будет прописываться с одним из родителей, от второго родителя будет необходимо согласие, которое он может написать лично в паспортном столе или передать нотариально заверенным.