Вообще, как правильно оформить работников в данной ситуации?

Не очень корректный вопрос. Постановка на учет в налоговой службе - неизвестно, что под этим понимается. Если сама государственная регистрация организации как юридического лица, то нельзя заключать никаких договоров - еще не будет самой стороны (юридического лица) любого договора.

Если же речь идет о постановке на налоговый учет - это означает, что юридическое лицо уже создано, моментом создания является момент государственной регистрации организации. И с этого момента можете заключать, от имени организации, любые договора, как гражданско-правовые, так и трудовые. Нарушений не будет, правоспособность юридического лица возникает в момент создания (государственной регистрации), а не постановки на налоговый учет.

ГК РФ.

"

Статья 49. Правоспособность юридического лица

1. Юридическое лицо может иметь гражданские права, соответствующие целям деятельности, предусмотренным в его учредительных документах, и нести связанные с этой деятельностью обязанности.

Коммерческие организации, за исключением унитарных предприятий и иных видов организаций, предусмотренных законом, могут иметь гражданские права и нести гражданские обязанности, необходимые для осуществления любых видов деятельности, не запрещенных законом.

Отдельными видами деятельности, перечень которых определяется законом, юридическое лицо может заниматься только на основании специального разрешения (лицензии).

2. Юридическое лицо может быть ограничено в правах лишь в случаях и в порядке, предусмотренных законом. Решение об ограничении прав может быть оспорено юридическим лицом в суде.

3. Правоспособность юридического лица возникает в момент его создания и прекращается в момент внесения записи о его исключении из единого государственного реестра юридических лиц.

Право юридического лица осуществлять деятельность, на занятие которой необходимо получение лицензии, возникает с момента получения такой лицензии или в указанный в ней срок и прекращается по истечении срока ее действия, если иное не установлено законом или иными правовыми актами".