Работодатель говорит что после болезни выйдешь на работу и отработаешь эти 2 недели как положено.

Нет, неправомерно. Согласно ст. 80 ТК РФ, работник имеет право расторгнуть трудовой договор, предупредив об этом работодателя в письменной форме за две недели. Данная норма закона не связывает установленный двухнедельный срок исключительно с фактом нахождения на работе, т.е. в данный двухнедельный временной отрезок работник может работать, болеть, находиться в отпуске, в командировке и т.д. - все зависит от обстоятельств. Главное - факт предупреждения работодателя именно за 2 недели до своего ухода с тем, чтобы работодатель успел подыскать замену увольняющемуся работнику. И не более того. Разъясните Вашему начальнику положения и смысл трудового законодательства, если не поможет - обращайтесь в трудовую инспекцию.