Сотрудник написал 17 ноября заявление на увольнение, как и положено, за две недели до даты увольнения.

Наталья! В данном случае формально усматриваются основания для увольнения сотрудника по инициативе работодателя, то есть на основании п. "г" статьи 81 ТК РФ - совершения по месту работы хищения (в том числе мелкого) чужого имущества, растраты, умышленного его уничтожения или повреждения, установленных вступившим в законную силу приговором суда или постановлением судьи, органа, должностного лица, уполномоченных рассматривать дела об административных правонарушениях;

То есть сотрудник обращается к Вам с просьбой уволить его по собственному желанию, он, как я понял, является материально-ответственным лицом и в момент проверки выявляется недостача товарно-материальных ценностей. Но уволить по указанным основаниям сотрудника можно только при наличии, установленных фактических обстоятельств хищения подтвержденных вступившим в законную силу приговором суда или постановлением судьи, органа, должностного лица, уполномоченных рассматривать дела об административных правонарушениях. Уволить сотрудника по ст. 81 ТК РФ во время его болезни работодатель не имеет права, равно как получить от него объяснения по факту случившегося в рамках служебной проверки. То есть уволить сотрудника ни по его собственному желанию (до окончания проверки), ни по инициативе работодателя Вы не могли. Сотрудник выходит на работу, на основании ранее изданного работодателем приказа о проведении служебного расследования Вы принимаете от сотрудника объяснения по факту выявленной недостачи и в зависимости от фактических обстоятельств принимаете решение о написании отношенияния (это форма заявления для юр.лица) по факту хищения в органы внутренних дел или увольнения сотрудника по собственному желанию.

С уважением, Морозов Р.В.