Как оформить право собственности на здание, функционирующее без правоустанавливающих документов, полученных в 2002 году и что требуется согласно град. Кодексу?

В суде признавайте право собственности на самовольную постройку (ст. 222 ГК РФ)

ГК РФ

Статья 222. Самовольная постройка

Право собственности на самовольную постройку не может быть признано за указанным лицом, если сохранение постройки нарушает права и охраняемые законом интересы других лиц либо создает угрозу жизни и здоровью граждан.

Если земля есть, то можете в судебном порядке (ст. 222 ГК РФ). Смотреть нужно какое назначение у земли. Разрешено ли Вам строить согласно условиям договора аренды. Проект и заключение о том,что объект соответсвует строительным нормам будет необходимо.

Учитывая то, разрешение на строительство у Вас было , аренда на участок есть , отказ имеет поэтому обращайтесь в суд на основании ст. 218 ГК РФ О признании права собственности на возведенное строение .Мотивируйте тем , что велось при наличии разрешения , средства собственные вложены а зарегистрировать право собственности , как того требует ст. 219 ГК РФ не представляется возможным

Статья 218.ГК РФ Основания приобретения права собственности

1. Право собственности на новую вещь, изготовленную или созданную лицом для себя с соблюдением закона и иных правовых актов, приобретается этим лицом.

Только в суде можно признать своё право собственности на здание согласно ст. 222 ГК РФ.

Куда и обращайтесь после получения разрешения арендодателя на постройку согласно ст. 209 ГК РФ:

"Собственнику принадлежат права владения, пользования и распоряжения своим имуществом".