В суде мне дали понять что нужно мне опротестовать заключение судмедэкспертизы и ходатойствовать о назначении новой.

Борис! Прежде всего Вам необходимо ознакомиться с Постановлением или определением о назначение экспертизы. Одновременно вам должны предоставить и ходатайство об назначение новой экспертизы. Ознакомившись вы можете согласиться,либо письменно писать возражение на назначение новой экспертизы. Ссылка на ст.198 УПК.

Статья 198. Права подозреваемого, обвиняемого, потерпевшего, свидетеля при назначении и производстве судебной экспертизы

1. При назначении и производстве судебной экспертизы подозреваемый, обвиняемый, его защитник вправе: 1) знакомиться с постановлением о назначении судебной экспертизы; 2) заявлять отвод эксперту или ходатайствовать о производстве судебной экспертизы в другом экспертном учреждении; 3) ходатайствовать о привлечении в качестве экспертов указанных ими лиц либо о производстве судебной экспертизы в конкретном экспертном учреждении; 4) ходатайствовать о внесении в постановление о назначении судебной экспертизы дополнительных вопросов эксперту; 5) присутствовать с разрешения следователя при производстве судебной экспертизы, давать объяснения эксперту; 6) знакомиться с заключением эксперта или сообщением о невозможности дать заключение, а также с протоколом допроса эксперта. Часть вторая статьи 198 подлежит применению в соответствии с конституционно-правовым смыслом, выявленным в Определении Конституционного Суда РФ от 04.11.2004 N 430-О. О конституционно-правовом смысле части второй статьи 198 см. Определение Конституционного Суда РФ от 11.07.2006 N 300-О. 2. Свидетель и потерпевший, в отношении которых производилась судебная экспертиза, вправе знакомиться с заключением эксперта. Потерпевший пользуется также правами, предусмотренными пунктами 1 и 2 части первой настоящей статьи.