Вопросы представления контрольно-счетной палаты о нарушениях в работе директора муниципального учреждения

Здравствуйте! Я работаю директором муниципального автономного учреждения, профиль-выпуск газеты. В должности с 24 августа 2016 года. Коллектив 6 человек. 1 июня на больничный по тяжелой болезни ушла начальник отдела рекламы, она же кассир на 0.5 ставки. Я стал совмещать обязанности начальника отдела рекламы и кассира, о чем издал приказ. Так же по гражданско-правовому договору я на своей машине осуществляю доставку газет из типографии (др.город) и развоз их по точкам реализации, за это получаю за амортизацию автомобиля и за бензин. После внеплановой проверки контрольно мне поставили в начет за то, что я получал доплату за выполнение обязанностей начальника рекламы и кассира, причем работал реально, и за то, что получал по договору на доставку газет за амортизацию автомобиля и за бензин. С момента вступление в должность неоднократно проводились проверки как со стороны учредителя-администрации города, так и контрольно-счетной палаты города. Замечаний по данным пунктам не было., на протокол разногласий, составленный на акт проверки КСП мотивированного ответа не получил, председатель КСП написала, что по трудовому договору, между мной и учредителем, мне запрещено исполнять какие - либо обязанности, но в договоре этого нет. Правомерно ли решение председателя КСП, и в какой суд обращаться, чтобы отменить представление контрольно-счетной палаты. Я считаю, что я действовал в рамках КЗОТ.