Работник отказался вернуть излишне выплаченную заработную плату - какие последствия могут быть?

Ничем.

Работодатель может в течение года в суд обратиться если сам все налоги платил

иначе разбирательство может дорого стоить работодателю...

ГК РФ Статья 1109. Неосновательное обогащение, не подлежащее возврату

Не подлежат возврату в качестве неосновательного обогащения:

1) имущество, переданное во исполнение обязательства до наступления срока исполнения, если обязательством не предусмотрено иное;

2) имущество, переданное во исполнение обязательства по истечении срока исковой давности;

3) заработная плата и приравненные к ней платежи, пенсии, пособия, стипендии, возмещение вреда, причиненного жизни или здоровью, алименты и иные денежные суммы, предоставленные гражданину в качестве средства к существованию, при отсутствии недобросовестности с его стороны и счетной ошибки;КонсультантПлюс: примечание.

О применении положений подпункта 4 статьи 1109 ГК РФ к требованиям о возврате исполненного по недействительной сделке см. Информационное письмо Президиума ВАС РФ от 11.01.2000 N 49.

4) денежные суммы и иное имущество, предоставленные во исполнение несуществующего обязательства, если приобретатель докажет, что лицо, требующее возврата имущества, знало об отсутствии обязательства либо предоставило имущество в целях благотворительности