Как поступить, если компания находится в процессе ликвидации, но сотрудник просит выплатить пособие по декрету?

Любые переводы только с ее согласия. Если ликвидируете организацию, то можете уволить ее в связи с ликвидацией (ст. 81, 261 ТК РФ) и тогда пособия ей выплатит соцзащита. Пособие по беременности и родам выплачивается беременным после увольнения только в случаях, указанных в нормативных актах. Так Приказ Министерства здравоохранения и социального развития РФ от 23 декабря 2009 г. N 1012н "Об утверждении Порядка и условий назначения и выплаты государственных пособий гражданам, имеющим детей" гласит:

9. Право на пособие по беременности и родам имеют:

...

б) женщины, уволенные в связи с ликвидацией организаций, прекращением физическими лицами деятельности в качестве индивидуальных предпринимателей, прекращением полномочий нотариусами, занимающимися частной практикой, и прекращением статуса адвоката, а также в связи с прекращением деятельности иными физическими лицами, чья профессиональная деятельность в соответствии с федеральными законами подлежит государственной регистрации и (или) лицензированию, в течение двенадцати месяцев, предшествовавших дню признания их в установленном порядке безработными;

...

15. Женщинам, указанным в подпункте "б" пункта 9 настоящего Порядка, пособие назначается и выплачивается органами социальной защиты населения по месту жительства (месту пребывания, месту фактического проживания).