Если в договоре аренды указано, что индивидуальный предприниматель сдает помещение в аренду, то он самостоятельно исчисляет и уплачивает НДФЛ. Если он сдает помещение как физическое лицо организации или индивидуальному предпринимателю, то НДФЛ исчисляет и уплачивает налоговый агент.